W Zakładzie Studiów nad Niemcami prowadzone są badania w kilku obszarach, przede wszystkim problemów etnicznych (mniejszości narodowe, migracje), historii stosunków polsko-niemieckich, oraz współczesnych stosunków polsko-niemieckich w kontekście międzynarodowym. Badania mają charakter interdyscyplinarny (historia, socjologia, nauki polityczne).
Historii stosunków-polsko niemieckich dotyczą badania nad międzynarodowymi uwarunkowaniami pozycji Polski przed 1989 r. (m.in. Układ Warszawski w końcowej fazie istnienia) i jej polityką wobec zjednoczenia Niemiec. Badane są także wybrane aspekty, szczególnie istotne dla historii stosunków polsko-niemieckich (przykładowo Polsko-Niemiecka Komisja Podręcznikowa, „Ziemie Odzyskane” w polskiej pamięci i kształtowaniu tożsamości). W aktualną problematykę wchodzą badania nad partiami radykalnie prawicowymi w krajach niemieckojęzycznych oraz narracją postkolonialną o Polsce w niemieckiej prasie po 1990 r.
Nadal istotną rolę w relacjach polsko-niemieckich odgrywają zagadnienia narodowościowe (mniejszość niemiecka w Polsce, mniejszość polska w Niemczech, procesy migracyjne) Zarówno problematyki etnicznej, jak i historii stosunków polsko niemieckich dotyczy prowadzony przez kilku pracowników Zakładu projekt o „Pamięci o obozach dla ludności niemieckiej w powojennej Polsce (PRL i III RP”). W tym obszarze współpracujemy z Centrum Badań Mniejszości Niemieckiej w Gliwicach. Z problematyką migracji związane są badania nad tożsamością dzieci z małżeństw polsko-niemieckich.
Ponadto monitorowane są aktualne zagadnienia dotyczące mniejszości niemieckiej w Polsce, a także bieżące wydarzenia dotyczące polityki międzynarodowej, miejsca w nich Niemiec i Austrii (aktualne relacje z Polską, polityka w Unii Europejskiej i na arenie międzynarodowej).